Swiss Army Knife 工具运行 R 的 log 记录

用 DNAnexus 平台上的 Swiss Army Knife 工具运行了下 R，记录下运行的 log。

这个日志记录了任务的执行过程，其中涉及到多个文件的下载、解压和执行。下面是对这个日志的详细解释：

1. 初始化日志记录

Logging initialized (priority)
Logging initialized (bulk)

以上表示日志记录系统已经初始化，准备开始记录任务的执行情况。priority 和 bulk 表示不同级别或不同类型的日志记录。

2. 下载和解压文件

Downloading bundled file resources.tar.gz
>>> Unpacking resources.tar.gz to /
tar: Removing leading `/' from member names

省略了一些类似的 log 输出，表明有多个文件（如 resources.tar.gz, qctool.tar.gz, plink.tar.gz 等）被依次下载并解压。tar: Removing leading '/' from member names：这是 tar 解压时的标准行为，表示会删除文件路径中的首个 /，避免解压到根目录（/）而覆盖系统文件。

3. 设置 SSH 公钥

Setting SSH public key

这里系统设置了一个 SSH 公钥，可能用于与远程服务器的连接。

4. 安装和运行环境信息

dxpy/0.385.0 (Linux-5.15.0-1072-aws-x86_64-with-glibc2.29) Python/3.8.10
bash running (job ID job-xxxx)

dxpy 是用于与 DNAnexus 平台交互的 Python 库。运行环境是 Linux（版本 5.15.0-1072-aws），使用 Python 3.8.10。作业 ID 是 job-xxxx，表示当前任务在平台上的唯一标识符。

5. 下载文件到本地文件系统

downloading file: file-xxxx to filesystem: /home/dnanexus/in/in/0/hello_world.r

从 DNAnexus 平台下载了名为 hello_world.r 的文件，并将其保存到 /home/dnanexus/in/in/0/ 目录。

6. dxfuse 版本信息和文件系统守护进程

Using dxfuse version v1.4.0
The log file is located at /root/.dxfuse/dxfuse.log
starting fs daemon
wait for ready
Daemon started successfully

使用 dxfuse （一个用于将 DNAnexus 文件系统挂载到本地文件系统的工具）版本 1.4.0。启动了文件系统守护进程，用于与 DNAnexus 文件系统进行交互。

7. 下载文件使用多个线程

Downloading files using 4 threads+ [[ '' == '' ]]

文件的下载是并行进行的，使用了 4 个线程来加速下载。

8. 执行 R 脚本

+ eval 'Rscript hello_world.r'
++ Rscript hello_world.r
[1] "Hello, world!"

执行了 R 脚本 hello_world.r，并成功输出了 “Hello, world!”，表明脚本运行成功。

9. 完成任务

+ set +x

这是一个 Shell 命令，表示关闭命令回显模式。+x 表示在执行时打印每条命令的详细信息，关闭后将不再显示。

--- title: "Swiss Army Knife \u5DE5\u5177\u8FD0\u884C R \u7684 log \u8BB0\u5F55" date: 2024-12-03 description: Swiss Army Knife image: https://cdn.jsdelivr.net/gh/Leslie-Lu/WeChatOfficialAccount/img/202412032312284.png categories: - dnanexus - r - log - swiss army knife format: html: shift-heading-level-by: 1 include-in-header: - text: "<style type=\"text/css\">\nhr.dinkus {\n width: 50px;\n margin:\ \ 2em auto 2em;\n border-top: 5px dotted #454545;\n}\n\ndiv.column-margin+hr.dinkus\ \ {\n margin: 1em auto 2em;\n}\n</style>" --- 用 DNAnexus 平台上的 Swiss Army Knife 工具运行了下 R，记录下运行的 log。这个日志记录了任务的执行过程，其中涉及到多个文件的下载、解压和执行。下面是对这个日志的详细解释： ### 1. 初始化日志记录 ``` bash Logging initialized (priority) Logging initialized (bulk) ``` 以上表示日志记录系统已经初始化，准备开始记录任务的执行情况。`priority` 和 `bulk` 表示不同级别或不同类型的日志记录。 ### 2. 下载和解压文件 ```bash Downloading bundled file resources.tar.gz >>> Unpacking resources.tar.gz to / tar: Removing leading `/' from member names ``` 省略了一些类似的 log 输出，表明有多个文件（如 `resources.tar.gz`, `qctool.tar.gz`, `plink.tar.gz` 等）被依次下载并解压。`tar: Removing leading '/' from member names`：这是 `tar` 解压时的标准行为，表示会删除文件路径中的首个 `/`，避免解压到根目录（`/`）而覆盖系统文件。 ### 3. 设置 SSH 公钥 ```bash Setting SSH public key ``` 这里系统设置了一个 SSH 公钥，可能用于与远程服务器的连接。 ### 4. 安装和运行环境信息 ```bash dxpy/0.385.0 (Linux-5.15.0-1072-aws-x86_64-with-glibc2.29) Python/3.8.10 bash running (job ID job-xxxx) ``` `dxpy` 是用于与 DNAnexus 平台交互的 Python 库。运行环境是 Linux（版本 5.15.0-1072-aws），使用 Python 3.8.10。作业 ID 是 `job-xxxx`，表示当前任务在平台上的唯一标识符。 ### 5. 下载文件到本地文件系统 ```bash downloading file: file-xxxx to filesystem: /home/dnanexus/in/in/0/hello_world.r ``` 从 DNAnexus 平台下载了名为 `hello_world.r` 的文件，并将其保存到 `/home/dnanexus/in/in/0/` 目录。 ### 6. dxfuse 版本信息和文件系统守护进程 ```bash Using dxfuse version v1.4.0 The log file is located at /root/.dxfuse/dxfuse.log starting fs daemon wait for ready Daemon started successfully ``` 使用 `dxfuse` （一个用于将 DNAnexus 文件系统挂载到本地文件系统的工具）版本 1.4.0。启动了文件系统守护进程，用于与 DNAnexus 文件系统进行交互。 ### 7. 下载文件使用多个线程 ```bash Downloading files using 4 threads+ [[ '' == '' ]] ``` 文件的下载是并行进行的，使用了 4 个线程来加速下载。 ### 8. 执行 R 脚本 ```bash + eval 'Rscript hello_world.r' ++ Rscript hello_world.r [1] "Hello, world!" ``` 执行了 R 脚本 hello_world.r，并成功输出了 "Hello, world!"，表明脚本运行成功。 ### 9. 完成任务 ```bash + set +x ``` 这是一个 Shell 命令，表示关闭命令回显模式。+x 表示在执行时打印每条命令的详细信息，关闭后将不再显示。