自从 UK Biobank 数据必须在 DNAnexus 上操作后，我们不得不使用 UKB 的付费平台。DNAnexus 是一个功能强大的云平台，提供了多种工具来处理、分析和可视化大规模基因组数据。在研究中，表型数据（如疾病状态、实验测量值、临床记录等）是理解基因与环境因素相互作用的重要资源。DNAnexus 提供了 Table Exporter 工具以及 dx extract_dataset，帮助研究人员从数据库中高效提取表型数据，并将其导出为可分析的格式。
在这篇文章中，我们将介绍如何在 DNAnexus 上使用 Table Exporter 提取表型数据。
Table Exporter 简介
Table Exporter 是 DNAnexus 提供的一项功能，允许用户从项目中提取存储的表型数据，并根据需要导出为 CSV、TSV 或 SQL 格式的文件。这些文件可以包含参与者的各种表型信息，如年龄、性别、疾病状态、基因型等。该工具的灵活性使得它不仅适用于小规模数据提取，还能够处理大规模的数据集，支持定制化字段的选择，以及针对特定需求的格式化输出。
如何使用 Table Exporter 提取数据
步骤 1：登录 DNAnexus 平台
首先，确保你已经拥有 DNAnexus 帐号并登录。若没有帐户，可以在 DNAnexus 官方网站申请注册。登录后，你将进入 Project Dashboard，即你的项目仪表板。
步骤 2：选择项目
在仪表板中，选择包含你需要提取表型数据的项目。你可以选择已有的项目，或者新建一个项目。
步骤 3：配置 Table Exporter
在项目中找到 Table Exporter 工具，并点击进入配置界面。
在此界面中，你需要选择要导出的表型数据字段。这些字段通常是与研究目标相关的变量，例如： 年龄、性别、疾病状态、身高、体重等基本信息。Table Exporter 支持将数据导出为不同格式：CSV：适用于大多数数据分析工具（如 Excel、R、Python 等），能够以表格形式查看。TSV：适合更大数据量的处理，且与数据库中的表格数据兼容性更高。SQL：如果你希望导出为 SQL 查询格式，用于后续数据库查询，可以选择此格式。选择适合你需求的导出格式后，点击 Next 进入下一步。在导出时，Table Exporter 还提供了一些额外的输出选项：字段名称（Field Names）：你可以选择导出数据时是否包括字段名称作为表头。数据过滤（Data Filtering）：根据需要，可以设置过滤条件，仅导出符合条件的数据。
配置完成后，点击 Start Export 按钮，DNAnexus 将开始生成导出的数据文件。根据数据量的不同，可能需要一些时间来处理。你可以在 Job History（作业历史）中查看任务进度。
