在 DNAnexus 平台上进行生信分析时，掌握一些省钱技巧和攻略，能够帮助科研人员和机构更高效地利用资源，降低成本。这里，我们将总结一些在 DNAnexus 平台上进行生信分析时，特别是在应用服务器方面的实用的省钱技巧和攻略，帮助最大限度地节省成本。
1. 优化计算资源的使用
DNAnexus 平台使用云计算资源，用户需要为所使用的计算资源付费。因此，优化计算资源的使用是节省成本的关键。以下是一些具体建议：
选择合适的实例类型：DNAnexus 平台支持多种实例类型，用户应根据分析任务的需求选择最合适的实例类型。例如，对于 CPU 密集型任务，选择高 CPU 实例；对于内存密集型任务，选择高内存实例。避免使用过于强大或不足的实例，以平衡性能和成本。前面我们总结过如何科学选择DNAnexus平台的计算实例，大家可以参考。
利用批量处理：对于大规模分析任务，用户可以利用 DNAnexus 平台的批量处理功能，同时运行多个任务，以提高效率并降低单位任务的成本。批量处理可以减少资源闲置时间，最大化利用计算资源。
监控和调整资源配置：定期监控分析任务的性能，并根据需要调整资源配置。例如，如果某个任务的 CPU 利用率较低，可以考虑降低实例的 CPU 核心数以节省成本。DNAnexus 平台提供性能监控工具，用户可以利用这些工具来优化资源使用。
2. 利用闲置资源和峰谷时段
在某些情况下，用户可以利用平台上的闲置资源或在非高峰时段运行分析任务，以降低成本：
- 规划峰谷时段：了解平台的资源使用高峰和低谷时段，尽量在低谷时段运行分析任务，以获取更低的资源价格。特别地，当我们使用 Swiss Army Knife (SAK) 进行大规模数据处理时，可以选择在资源使用较低的时段运行，设置 priority 为 low，以降低成本。相比于 High 优先级，Low 优先级的任务在资源紧张时可能会被延迟，但在资源充足时仍能正常运行，且能可观地节省成本。
3. 有效管理数据存储
存储大量基因组数据可能会产生高昂的费用。
定期清理不再需要的数据：定期审查存储的数据，删除不再需要的临时文件、中间结果或旧版本数据，以避免不必要的存储费用。DNAnexus 平台提供数据管理工具，帮助用户组织和清理数据。
优化数据格式和压缩：使用压缩或优化的数据格式可以减少存储空间。例如，使用 gzip 或 bzip2 压缩 FASTQ 文件，使用 CRAM 格式存储比对数据。DNAnexus 平台支持多种数据格式，用户可以选择最节省空间的格式。
4. 利用平台特性提高效率
DNAnexus 平台具有许多特性，如自动化工作流程、批处理等，用户可以利用这些特性来提高效率和降低成本：
自动化工作流程：通过自动化重复性任务，用户可以减少手动干预，降低错误率，并节省时间和资源。DNAnexus 平台支持工作流程的自动化，用户可以使用平台提供的工具或 API 来实现自动化。
利用 API 优化资源使用：DNAnexus 平台提供 API，用户可以通过编程方式自动化任务和优化资源使用。例如，自动启动和停止计算实例，自动上传和下载数据等。
5. 监控与管理成本
定期监控和审查使用情况，帮助用户识别和消除不必要的开支：
利用平台提供的成本报告：DNAnexus 平台提供详细的使用和成本报告，用户可以定期查看这些报告，了解资源的消耗情况，并根据需要调整策略。
设置预算和警报：用户可以设置预算限制和警报，当成本接近或超过预算时，平台会自动通知用户，以便及时采取措施。