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本周话题：一辈子动手做实验的科学家
John Gurdon (1933-2025) 是做出过重要工作的发育生物学家，特别是在体细胞核移植、发育的分子生物学研究。Gurdon的特点之一是一直自己动手做实验，得诺奖不影响、86岁也照样做。
驱动科研的核心还是要真地感兴趣好奇，渴望产出有价值的知识。这样的人和氛围，还是少有的。
生统研究
近几年来，在智慧医疗领域中出现了一种新的技术：利用大型语言模型（LLM）跟踪和预测个人一生中的疾病轨迹，这一技术在改善个性化医疗方面具有巨大的潜力。该研究的意义在于，Delphi-2M能够全面预测多种疾病并理解疾病之间的相互关系，推动精准医疗的发展，实现个性化健康管理。通过捕捉疾病的时间性进展，模型为长期健康评估提供了新视角，并展示了在不同地区的广泛适用性，能够为全球公共卫生决策提供支持。
- 论文 DOI：10.1038/s41586-025-09529-3
在以往的基因组研究中，常采用的统计模型包括单位点模型（例如全基因组关联研究GWAS）和全基因组模型（例如多基因风险评分PRS）。然而，在基因-环境交互作用(GxE)研究中该采用怎么样的统计模型来构建疾病模型呢？本文提出了三种统计方法，用于区分GxE交互作用的三种机制，并应用于UK Biobank中33个性状与10种环境变量的分析，为未来的GxE研究提供了可遵循的研究框架。
- 论文 DOI：10.1016/j.ajhg.2025.01.014
博文资讯
FDA 更新两份内部工作指南，一份是定制医学查询（OCMQs），另一本是标准安全性表与图（ST&Fs）2.0版。它们其实是帮审评员（以及想顺利过关的药企）更聪明、更一致地审查药品安全性的“神器”。
2025年10月12日，《柳叶刀》（IF 88.5）全球疾病负担研究（GBD）2023齐发三篇重磅文章，同步开放了GBD2023数据的下载。推文介绍了三篇文章的主要发现。
三位科学家因为发现了一种新的外周组织免疫耐受调节机制，即调节性T细胞及其工作机制，获得了本年度诺贝尔生理学或医学奖。
工具
热图是一种非常有用的数据可视化工具，被广泛应用于生物信息学领域。推文详细介绍R 包 pheatmap 绘图基础与进阶。
推文介绍了一些提高工作效率的网站工具，如免版税插图、调色板等。
Codex是一款可在本地终端、IDE、云端运行的AI编程助手，能够生成、读取、修改并执行机器上指定目录中的代码。该工具基于Rust语言构建以确保速度与效率，目前正在持续快速迭代。推文介绍了三种使用Codex的方式。
资源
ThinkBayes 是由 Allen B. Downey 教授编写的一套关于贝叶斯统计（Bayesian Statistics）的开源教材与示例代码。该项目旨在通过直观、编程驱动的方式，帮助读者理解并掌握贝叶斯思维与推断方法。本项目配合作者的著作 《Think Bayes: Bayesian Statistics in Python》 使用（O’Reilly 出版），书中通过一系列实际问题（如赌博、疾病检测、信号识别、MCMC抽样等）逐步展示如何利用 Python 进行贝叶斯建模与推断。
推文回顾了 Hugging Face 上提供的一些最受欢迎且必不可少的免费课程。这些课程涵盖 AI 代理、模型上下文协议 (MCP)、大型语言模型 (LLM)、扩散模型和强化学习等主题，所有这些都是当今快速发展的 AI 领域的核心。
精选整理的使用 RAG、AI 智能体、多智能体团队、MCP、语音智能体等技术构建的 Awesome LLM 应用集合。该仓库收录的 LLM 应用使用了来自 openai logoOpenAI、anthropic logoAnthropic、google logoGoogle、X logoxAI 的模型，以及如 alibaba logoQwen 或 meta logoLlama 等可在本地计算机上运行的开源模型。
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