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本周话题：AI 时代如何编程
未来具备良好编程基础、有强烈意愿且动手能力强的程序员，在AI编程时代将具备明显的核心竞争力。同时，模型能力也在发展，可能未来开发者也不需要具备特别强的编程素质，就能够完成一些端到端的开发。
@Leslie-Lu 提升自身编程基本功，更好地遵循编程的逻辑和规范设计，也许是 AI 时代更有效地利用好这一强大工具的最好手段。
生统研究
来自哈佛大学医学院附属布莱根妇女医院的Martin Hemberg、美因茨大学医学中心的Federico Marini、悉尼大学的Shila Ghazanfar以及陈·扎克伯格倡议（CZI）的Ivana Jelic等领导的国际合作团队，在《Genome Biology》上发表了题为“Insights, opportunities, and challenges provided by large cell atlases”的综述文章。该文章作为陈·扎克伯格倡议（CZI）单细胞生物学项目会议的智慧结晶，系统性地总结了大规模单细胞图谱领域的现状、面临的关键挑战以及未来的巨大机遇，为该领域的健康发展指明了方向。文章强调，细胞图谱的构建与应用正推动生命科学从数据生成时代迈向知识整合与深度挖掘的新纪元。
- 论文 DOI：10.1186/s13059-025-03771-8
2-3岁是肠道菌群发育的”黄金期”，此时菌群会逐渐稳定成接近成人的状态;而这个阶段也是大脑发育的”敏感窗口”，神经元连接快速形成，为终身心理健康打下基础。之前的研究大多聚焦婴儿期，或只关注单一指标，而这项研究首次完整追踪了”2岁肠道菌群→6岁大脑功能→7.5岁情绪状态”的纵向关联，填补了关键空白。研究最核心的发现的是:2岁时的第三种菌群特征(含毛螺菌科等)，会通过影响6岁时的大脑跨网络连接(签名2)，间接导致7.5岁时的情绪问题。
- 论文 DOI：10.1038/s41467-025-64988-6
文章用多状态马尔科夫链来探索估算葡萄糖处置率（eGDR，评估胰岛素抵抗的一种指标）与衰弱风险及可逆性之间的关联，即探索eGDR对非衰弱、衰弱和死亡三种状态之间相互转移的影响。总体而言，较高 eGDR 代表更佳代谢状态，与更低的衰弱风险及更高的衰弱可逆性密切相关。GDR 作为一种简便、可临床获取的代谢指标，有潜力用于老年人虚弱风险评估和早期干预分层。
- 论文 DOI：10.1002/jcsm.13814
博文资讯
“浪淘沙预印本平台”由深圳医学科学院牵头，联合深圳湾实验室、清华大学、西湖大学等单位共同建设，致力于打造高效、开放的生命科学领域科研成果发布、共享与交流平台。预印本作为无需同行评议即可公开科研成果的方式，已成为全球科研交流的重要载体。研究者可以在正式发表前，将工作第一时间呈现给学界，以最快速度获得反馈、推动进展。这是一种更开放、更透明、更高效的科研模式，也是全球开放科学时代的主流趋势。
11月24日，腾讯公司10年内出资100亿元“稳定支持一批杰出科学家潜心基础研究”的“新基石研究员项目”第三期名单发布，来自数学与物质科学、生物与医学科学领域的35位科学家上榜。至此，“新基石研究员”的数量来到139位。
工具
CINeMA（网状Meta分析置信度评估工具）是一款简化网状Meta分析结果置信度评估的网络应用程序。该工具基于网状Meta分析的方法学框架，考虑了影响 NMA 结果置信度水平的六个领域。CINeMA 是免费且开源的，无需登录。CINeMA 调用 R 中的 netmeta 程序来估计相对效应和异质性，随后可依次对六个领域进行系统评估。通过这种方式，评估者针对 NMA 中每个相对治疗效应在六个领域中分别评估其引发“无担忧”、“部分担忧”或“重大担忧”的程度，并在报告页面以图形方式总结所有效应估计。最终将各领域的判断汇总为单一信心评级（“高”、“中等”、“低”或“非常低”）。
推文介绍了 renv 包进行项目环境管理的大致做法，利用 renv 可以精确控制不同项目不同版本 R 包，并利于未来复现或更新工作。
资源
GRADEpro（GRADEpro Guideline Development Tool，简称 GDT） 是一款由 Evidence Prime 与 McMaster University 合作开发的在线工具，用于帮助研究者、系统综述作者和临床指南制定者应用 GRADE 方法框架 来评估证据质量、制定推荐意见、管理系统综述证据表格。
Allen Institute for Brain Science（艾伦脑科学研究所）专注于利用大规模、系统化、生物学与计算科学结合的方法，深入解析哺乳动物乃至人类大脑的结构、功能与疾病机制。Allen Institute 公开了大量高质量的脑科学数据资源，这些数据库对神经科学、认知科学、人工智能研究者都极具价值。
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